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気になった論文を掲載して行きましょう。

• Predicting new molecular targets for known drugs (Keiser, M., Setola, V., et al.)
  • Nature 462, 175-181 (12 November 2009)
  • http://www.nature.com/nature/journal/v462/n7270/abs/nature08506.html

大規模データ処理系の論文 †

分散・並列計算 †

• MapReduce?: Simplified Data Processing on Large Clusters. (OSDI2004)
  • Jeffrey Dean and Sanjay Ghemawat.
  • http://www.usenix.org/events/osdi04/tech/full_papers/dean/dean_html/
  • 分散計算を容易に記述するためのプログラミングモデル

• The Google file system (SOSP '03)
  • Sanjay Ghemawat, Howard Gobioff, and Shun-Tak Leung
  • http://labs.google.com/papers/gfs.html
  • MapReduce?プログラムの実行には欠かせない分散ファイルシステム

• Efficient bulk insertion into a distributed ordered table (SIGMOD2008)
  • http://doi.acm.org/10.1145/1376616.1376693
  • http://www.brianfrankcooper.net/pubs/bulkload.pdf
  • 分散ストレージに大量レコードを挿入する

Read-Optimized Databases †

• C-Store: A Column Oriented DBMS (VLDB2005)
  • Mike Stonebraker, Daniel Abadi, Adam Batkin, Xuedong Chen, Mitch Cherniack, Miguel Ferreira, Edmond Lau, Amerson Lin, Sam Madden, Elizabeth O'Neil, Pat O'Neil, Alex Rasin, Nga Tran and Stan Zdonik.
  • http://db.csail.mit.edu/projects/cstore/vldb.pdf
  • バイオデータには、row-storeより、column-storeの方が適している場合が多くある

• Integrating Compression and Execution in Column-Oriented Database Systems (SIGMOD2006)
  • Daniel J. Abadi, Samuel R. Madden, and Miguel C. Ferreira.
  • http://db.csail.mit.edu/projects/cstore/abadisigmod06.pdf
  • 圧縮したまま検索できることがcolumn-storeの強み

RDF data management †

• Scalable semantic web data management using vertical partitioning. VLDB2007 (best paper award)
  • Abadi, Daniel J. and Marcus, Adam and Madden, Samuel R. and Hollenbach, Kate
  • http://db.csail.mit.edu/projects/cstore/abadirdf.pdf
  • RDFのtripleを格納するストレージとその検索

• Scalable join processing on very large RDF graphs (SIGMOD2009)
  • Thomas Neumann, Gerhard Weikum
  • http://doi.acm.org/10.1145/1559845.1559911
  • tripleを使った検索を高速に行う手法

Genome Alignment関連 †

• Two Efficient Algorithms for Linear Suffix Array Construction.　
  • Nong, Zhang, and Chan.
  • http://www.cs.sysu.edu.cn/nong/index.files/Two%20Efficient%20Algorithms%20for%20Linear%20Suffix%20Array%20Construction.pdf
  • induced sortingを使い、線形時間でsuffix arrayを構築する。実装も多数あり。

• Fast and accurate short read alignment with Burrows–Wheeler transform. (BWT変換を使ったアラインメント）
  • Heng Li and Richard Durbin.
  • Bioinformatics 2009 25(14):1754-1760. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/btp324
  • suffix arrayをBWT変換することで、mismatch, gapを含んだアラインメントを高速に計算できるように

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